בניגוד לבית המקדש הראשון והשני, שנבנו בידי בני־אדם, את בית המקדש השלישי בונה ה' בשמים. לאחר שיוריד אותו מן השמים ויושיב אותו במקומו, יבנה ה' גם את חומות העיר ירושלים.

כָּל מַעֲשֵׂי הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא אֵינָם כְּמַעֲשֵׂי בֶּן אָדָם. כְּשֶׁבְּנֵי אָדָם בָּנוּ בבית המקדש הראשון ובבית המקדש השני. בֵּית הַמִּקְדָּשׁ השלישי, בשמים. לְמַטָּה, בַּהַתְחָלָה עָשׂוּ אֶת חוֹמוֹת הָעִיר, וּלְבַסּוֹף עָשׂוּ אֶת בֵּית הַמִּקְדָּשׁ השלישי, בשמים. . חוֹמוֹת הָעִיר בַּהַתְחָלָה כְּדֵי לְהָגֵן עֲלֵיהֶם, וְאַחַר כָּךְ בִּנְיַן הַבַּיִת. וְהַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא לֹא כָּךְ, אֶלָּא בּוֹנֶה בַּתְּחִלָּה אֶת בֵּית הַמִּקְדָּשׁ השלישי, בשמים. , וּבַסּוֹף כְּשֶׁיּוֹרִיד אוֹתוֹ מִן הַשָּׁמַיִם וְיוֹשִׁיב אוֹתוֹ עַל מְקוֹמוֹ, אָז יִבְנֶה אֶת חוֹמוֹת יְרוּשָׁלַיִם, שֶׁהֵן חוֹמוֹת הָעִיר. (זוהר ח"ב קח, ב)