מן התורה כל אדם יכול להתפלל בנוסח משלו, אך אנשי כנסת הגדולה ייסדו בתחילת תקופת בית המקדש השני את נוסח התפילה המסודרת של ימינו. המטרה הייתה לשפר את איכות הריכוז בתפילה, וליצור נוסח אחיד לכל העם. נוסח התפילה הותקן בכוונה גדולה, מתוך עיון גדול במילים ובתכנים.

מִיְּמוֹת מֹשֶׁה רבנו. עַד אַנְשֵׁי כְּנֶסֶת הַגְּדוֹלָה החכמים בתחילת תקופת בית המקדש השני. הָיְתָה הַתְּפִלָּה בְּיִשְׂרָאֵל בִּלְתִּי מְסוּדֶּרֶת בְּתִקּוּן שָׁוֶה לְכוּלָּם נוסח אחיד. , אֲבָל הָיָה כָּל אֶחָד מִתְפַּלֵּל וְעוֹשֶׂה מְלִיצָה ניסוח מסוגנן. לְעַצְמוֹ כְּפִי יְדִיעָתוֹ וְחָכְמָתוֹ, עַד שֶׁבָּאוּ אַנְשֵׁי כְּנֶסֶת הַגְּדוֹלָה החכמים בתחילת תקופת בית המקדש השני. וְתִקְּנוּ תְּפִלָּה זוֹ שֶׁל שְׁמוֹנֶה עֶשְׂרֵה, כְּדֵי שֶׁתִּהְיֶה מְסוּדֶּרֶת בְּפִי הַכֹּל, וְכָךְ תִּקְּנוּהָ בְּלָשׁוֹן פָּשׁוּט מוּבָן כְּדֵי שֶׁלֹּא יִתְבַּלְבְּלוּ הָרַעְיוֹנִים בְּהַנָּחַת הַלָּשׁוֹן כדי שהמחשבות לא יתבלבלו, מתוך שהלשון יכולה לנוח, שכן יש נוסח אחיד. , וְשֶׁיִּהְיוּ כָּל יִשְׂרָאֵל שָׁוִים בָּהּ, בֵּין חֲכָמִים בֵּין טִפְּשִׁים. אָמְנָם תִּקְּנוּ אוֹתָהּ בְּכַוָּונָה גְּדוֹלָה וּבְהַשְׁגָּחָה יְתֵרָה, בְּמָה שֶׁהִיא מְסוּדֶּרֶת שָׁלֹשׁ בְּרָכוֹת שֶׁל שֶׁבַח לִפְנֵי הַתְּפִלָּה וְשָׁלֹשׁ לְאַחֲרֶיהָ, וְסִדְּרוּ לָנוּ בָּאֶמְצַע שְׁתֵּים עֶשְׂרֵה בְּרָכוֹת שֶׁהֵן כְּלַל כָּל צָרְכֵי הָאָדָם. וְכָל זֶה לֹא הָיָה בְּמִקְרֶה כִּי אִם בְּעִיּוּן גָּדוֹל מוּכְרָח וּמוּצְרָךְ עיון שצריך להיות. . (פירוש לתורה, דברים יא, יג)

התפילה היא עבודה שבלב, והיא דורשת מאמץ מחשבתי. הן בביטול ובהרחקה של מחשבות שאינן קשורות לתפילה, הן בריכוז במילות התפילה. בנוסף, יש כוונה בתפילה על־פי הסוד, שהיא נשמת התפילה, והיא ההתבוננות בסוד שורשי שמות ה' המוזכרים בתפילה.

המחשבה בזמן התפילה:

צָרִיךְ הָאָדָם לַעֲבוֹד עֲבוֹדָה גְּדוֹלָה בַּלֵּב, וְלִהְיוֹת גִּבּוֹר כַּאֲרִי לְהִתְעוֹרֵר שֶׁלֹּא יַעֲלֶה עַל מַחֲשַׁבְתּוֹ שׁוּם מַחֲשֶׁבֶת חוּץ מחשבה שאינה קשורה לתפילה. . וְאִם לֹא יוּכַל לְפַנּוֹת לְבָבוֹ מִמַּחֲשָׁבוֹת בִּשְׁעַת הַתְּפִלָּה יְבַקֵּשׁ תַּחְבּוּלוֹת וְעֵצוֹת יחפש פתרונות לריכוז המחשבה. , כְּגוֹן שֶׁיַּחֲשׁוֹב שֶׁהַבּוֹרֵא יִתְבָּרַךְ נִצָּב נֶגֶד וּמַבִּיט מוֹצָא שְׂפָתַי וּבוֹחֵן מַחֲשֶׁבֶת לִבִּי וְיֶחֱרַד וְיִתְמַלֵּא רְתֵת וְזִיעָה עומד כנגדו ומביט עליו ובוחן את דיבורו ומחשבותיו, והדבר יביא את האדם לפחד ולריכוז. . וְכָל הַהַמְצָאוֹת שֶׁיּוּכַל לַעֲשׂוֹת לְהִתְגַּבֵּר וּלְהוֹצִיא הַמַּחֲשָׁבָה זָרָה יַעֲשֶׂה. וְאַחַר כָּךְ יִהְיֶה גִּבּוֹר כַּאֲרִי לְהֶפֶךְ, לַחֲשׁוֹב מַחְשְׁבוֹת בֵּיאוּר הַמִּלּוֹת פירוש המילים של התפילה. , וְיִשְׁפּוֹךְ שִׂיחוֹ וְרוּחוֹ יביע את תפילתו מעומק הלב. לִפְנֵי מֶלֶךְ מַלְכֵי הַמְּלָכִים הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא, הַשּׁוֹמֵעַ תְּפִלּוֹת וְיָכוֹל עַל כָּל הַיְּכוֹלֶת כל יכול. . וּבֶאֱמֶת לַעֲשׂוֹת כֵּן להתגבר על המחשבות הזרות ולהתרכז בכוונת המילים. הִיא עֲבוֹדָה גְּדוֹלָה... זֶהוּ פֵּירוּשׁ שֶׁל רַבּוֹתֵינוּ זִכְרוֹנָם לִבְרָכָה, שֶׁקָּרְאוּ הַתְּפִלָּה "עֲבוֹדָה בַּלֵּב" (מכילתא דרשב"י כג, כה), כִּי הִיא עֲבוֹדָה גְּדוֹלָה עֲבוֹדַת הַקּוֹדֶשׁ.

הכוונה בתפילה היא נשמת התפילה:

וְעִנְיַן תְּפִילָּה בְּכַוָּנָה שֶׁהִיא הַנְּשָׁמָה, זֶהוּ סוֹדוֹת הַתְּפִילָּה. שֶׁהַנִּגְלֶה הצד הגלוי. שֶׁל הַתְּפִילָּה שֶׁהִיא חַיֵּי שָׁעָה כל הקשור בעולם הזה ובחיי האדם. , וְכֵן סִיפּוּר שְׁבָחָיו שֶׁל הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא וְהַנְהָגַת פְּעוּלּוֹתָיו יִתְבָּרַךְ הֵם דְּבָרִים נִגְלִים, אֲבָל פְּנִימִיּוּת עִנְיָנָם וְסוֹדָם הַנּוֹגְעִים בְּרוּמוֹ שֶׁל עוֹלָם זֶהוּ נִשְׁמַת הַדְּבָרִים, סוֹד שָׁרְשֵׁי הַשֵּׁמוֹת, וְהַשֵּׁמוֹת הֵם הַסְּפִירוֹת שֶׁאָדוֹן יָחִיד בָּהֶם וְהֵם בּוֹ סוֹד אַחְדּוּתוֹ יִתְבָּרַךְ, וְהַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא מִתְאַוֶּה לִתְפִילָּה זוֹ בתפילה בכוונה יש מודעות והתבוננות בסוד הפנימי שבשמות הבורא המצויים בתפילה, שהם הספירות הקדושות, נשמת העולם. לתפילה כזו, הקב"ה משתוקק. ... הֲרֵי הַנִּגְלֶה הצד הגלוי. מֵהַתְּפִילָּה של התפילה. נִמְשָׁל לַגּוּף, וְהַכַּוָּונָה מֵהַתְּפִילָּה של התפילה. לְהַנְּשָׁמָה. (של"ה, מסכת תמיד, נר מצוה י)

מלבד התפילות שנוסחן נקבע בידי החכמים צריך אדם לפנות אל ה' בלשונו הוא, ולשוחח אתו על כל מה שעובר עליו. לתפילה כזאת יש יתרון, שכן הכוחות המנסים לחבל בתפילה אינם מכירים את התפילה המחודשת הזו. ובכל זאת, על האדם להמשיך להתפלל בנוסח הקבוע ולא להתפלל רק תפילות חדשות.

עַל תְּפִילּוֹת וּתְחִינּוֹת וּבַקָּשׁוֹת הַסְּדוּרוֹת מִכְּבָר, כְּבָר יוֹדְעִים מֵהֶם כָּל הַמְּחַבְּלִים וְהַמְּקַטְרְגִים, וְהֵם אוֹרְבִים עַל הַדְּרָכִים שֶׁל אֵלּוּ הַתְּפִילּוֹת, מֵחֲמַת שֶׁיּוֹדְעִים מֵהֶם מִכְּבָר. כְּמוֹ, לְמָשָׁל, עַל הַדֶּרֶךְ הַכְּבוּשָׁה, הַיָּדוּעַ וּמְפוּרְסָם לַכֹּל, שָׁם אוֹרְבִים רוֹצְחִים וְגַזְלָנִים תָּמִיד, מֵחֲמַת שֶׁיּוֹדְעִים מִדֶּרֶךְ זֶה כְּבָר. אֲבָל כְּשֶׁהוֹלְכִים בְּנָתִיב וְדֶרֶךְ חָדָשׁ, שֶׁאֵינוֹ נוֹדָע עֲדַיִין, שָׁם אֵינָם יוֹדְעִים לֶאֱרוֹב שָׁם כְּלָל. בדרך סלולה ומוכרת אורבים שודדים, לעומתה, בדרך חדשה ובלתי־נודעת, גם השודדים אינם מודעים לקיומה. כְּמוֹ כֵן לָעִנְיָן הַנִּזְכָּר לְמַעְלָה, כִּי הַשִּׂיחָה שֶׁמְּדַבֵּר הָאָדָם עַצְמוֹ בֵּינוֹ לְבֵין קוֹנוֹ, הוּא דֶּרֶךְ חָדָשׁ וּתְפִילָּה חֲדָשָׁה, שֶׁהָאָדָם אוֹמְרָהּ מִלִּבּוֹ מֵחָדָשׁ, עַל כֵּן אֵין הַמְּקַטְרְגִים מְצוּיִים כָּל כָּךְ לֶאֱרוֹב. התפילות בנוסח הקבוע דומות למסלול ישן ומוכר ולכן המקטרגים מכירים אותו ויודעים כיצד לחבל בו, בעוד התפילות הבאות כשיחה מלב אל לב, בסגנונו האישי של האדם, אינן מוכרות למקטרגים. וְאַף עַל פִּי כֵן הִזְהִיר מְאֹד גַּם עַל אֲמִירַת שְׁאָר תְּחִינּוֹת וּבַקָּשׁוֹת. למרות המעלה שבתפילה בסגנון אישי, אין היא באה במקום התפילות בנוסח הקבוע. (ליקוטי מוהר"ן תניינא, צז)

יש תפילות הנובעות מן הלב ומתפרצות ממעמקיו, ויש תפילות שהמוח הוא המעורר את הלב להתפלל. התפילות הרגילות, שנוסחן קבוע, נובעות בדרך כלל מן המוח, ואילו התפילות המתפרצות מלבו של אדם הן אלה הקשורות למאורעות אישיים ואין להן נוסח קבוע ומסודר.

תְּפִילָּה הִיא בִּשְׁנֵי אוֹפַנִּים: יֵשׁ שֶׁהַלֵּב מִתְעוֹרֵר בִּתְפִילָּה, כְּמוֹ שֶׁכָּתוּב: "צָעַק לִבָּם אֶל ה'" (איכה ב, יח), כִּי מֵחֲמַת מְצוּקוֹת לִבּוֹ מִתְפָּרֶצֶת הַתְּפִלָּה מִקִּירוֹת לִבּוֹ, וְיֵשׁ שֶׁהַתְּפִילָּה בָּאָה מֵחֲמַת הַדַּעַת וְהַהִתְבּוֹנְנוּת, שֶׁמִּתְעוֹרֵר לְהִתְפַּלֵּל לעתים המוח הוא זה שמעורר את הלב להתפלל. . וְאַף שֶׁלֹּא תִּיתָּכֵן תְּפִלָּה אֶלָּא בְּמֹחַ וְלֵב, מִכָּל מָקוֹם זוֹ בָּאָה מֵחֲמַת מְצוּקוֹת הַלֵּב וּמְעוֹרֶרֶת אֶת הַמֹּחַ לַחֲשׁוֹב מַחֲשָׁבוֹת, וְזוֹ בָּאָה מֵהִתְבּוֹנְנוּת הַמֹּחַ, וְהַמֹּחַ מְעוֹרֵר אֶת הַלֵּב, שֶׁהוּא הַנֶּפֶשׁ, לְהִשְׁתַּפֵּךְ אֶל חֵיק אָבִיהָ אף שלתפילה נדרשים גם המוח וגם הלב ושניהם שותפים בה, בכל זאת יש להבחין בין תפילה שנובעת מהתעוררות הלב, לבין תפילה שמתחילה במוח. ... וְיֵשׁ לוֹמַר, שֶׁזֶּה גַּם הַהֶפְרֵשׁ בֵּין הַתְּפִילּוֹת הַסְּדוּרוֹת מֵאַנְשֵׁי כְּנֶסֶת הַגְּדוֹלָה החכמים בתחילת תקופת בית המקדש השני. שֶׁהֵן תְּדִירוֹת, וּבֵין תְּפִלָּה הַבָּאָה לִפְרָקִים לְאִישׁ וְאִישׁ מֵחֲמַת יַלְדֵי יוֹם אפשר לומר כי התפילות המסודרות והקבועות נובעות בדרך כלל מן המוח, ואילו התפילות האישיות, הנובעות ממאורעות אישיים מגיעות מן הלב. . (שם משמואל, ואתחנן תרע"ה)