בפסוק הנ"ל נאמר "שבע שבתות תמימותכל

לפני הספירה קודם שסופרים 'ספירת העומר' בלילה, מברכים: "בָּרוּךְ אַתָּה אֲדֹנָי, אֱלֹהֵינוּ מֶלֶךְ הָעוֹלָם, אֲשֶׁר קִדְּשָׁנוּ בְּמִצְוֹתָיו וְצִוָּנוּ עַל סְפִירַת הָעֹמֶר".

יש הנוהגים להוסיף לפני הברכה והספירה אמירת "לְשֵׁם יִחוּד" — נוסח של הכנה לקיום המצווה, כמפורט בסידורים.

איך סופרים נאמר בתורה "תספרו חמישים יום", כלומר שצריך לספור את הימים. עם זה כתוב, "שבעה שבועות תספור לך", הרי שצריך לספור את השבועות.

לכן סופרים בדרך המשלבת את שני הדברים: בששת הימים הראשונים אומרים: "הַיּוֹם יוֹם אֶחָד לָעֹמֶר", "הַיּוֹם שְׁנֵי יָמִים לָעֹמֶר" וכך הלאה. בהגיע היום השביעי מתחילים להוסיף גם את מספר השבועות: "הַיּוֹם שִׁבְעָה יָמִים שֶׁהֵם שָׁבוּעַ אֶחָד לָעֹמֶר". מהיום השמיני והלאה מונים תחילה את מספר הימים ולאחר מכן את מספר השבועות שעברו ואת הימים שנוספו בשבוע הנוכחי: "הַיּוֹם שְׁמוֹנָה יָמִים שֶׁהֵם שָׁבוּעַ אֶחָד וְיוֹם אֶחָד לָעֹמֶר". בדומה לזה נמשיך בימים הבאים: "הַיּוֹם אֶחָד וְעֶשְׂרִים יוֹם שֶׁהֵם שְׁלֹשָה שָׁבוּעוֹת לָעֹמֶר".

לפי נוסח אשכנז אומרים "בעומר" במקום "לעומר".

לפי נוסח עדוֹת המזרח אומרים את המילה "לעומר" לאחר מניין הימים (ולא בסוף המשפט כולו): "הַיּוֹם אֶחָד וּשְׁלשִׁים יוֹם לָעֹמֶר, שֶׁהֵם אַרְבָּעָה שָׁבוּעוֹת וּשְׁלֹשָה יָמִים".

הדינים הנ"ל הם הדרך הנכונה שבה יש לספור 'ספירת העומר' לכתחילה. אבל לאחר מעשה, כל המציין את מספר הימים הנכון, גם אם לא הזכיר את מספר השבועות וגם אם עשה זאת בכל שפה שהוא מבין — קִיים את המצווה. מי שסופר בשפה שאינה מובנת לו, גם אם יאמר את הנוסח המלא והמדויק — לא קיים את המצווה.

לאחר שסופרים יש הנוהגים לומר נוסח הכולל תפילות ובקשות שקצתן מבוסס על תורת הקבלה, כמפורט בסידורים.

מי ששכח לספור מי ששכח או לא הספיק לספור 'ספירת העומר' בלילה — סופר למחרת ביום, אך בלי ברכה. אם לא ספר גם ביום — יש מפוסקי ההלכה הסוברים כי מעתה והלאה אינו יכול עוד לספור בברכה, שכן לדעתם 49 ימי 'ספירת העומר' הם מצווה אחת מתמשכת, וכאשר יום אחד חסר נפגעת שלמותהּ של המצווה כולה. לפי דעתם, כדאי שאותו אדם יבקש בכל ערב מאדם אחֵר הסופר בברכה לברך בקול רם ולחשוב גם עליו, וגם השומע מצדו יתכוון לצאת ידי חובה בברכה זו ויענה אחריה "אמן". לאחר מכן יספור בעצמו.

אך לפי דעה אחרת בהלכה, כל יום מימי 'ספירת העומר' הוא מצווה לעצמה, ולכן גם מי שהחמיץ יום אחד ולא ספר, רשאי וצריך לספור בברכה גם בימים הבאים.

מי שיש לו ספק אם סָפר ביום מסוים או לא, ימשיך לספור בימים הבאים בברכה.

איסור 'חדש' בזמן בית המקדש היו מקריבים ביום הראשון של הספירה (היום הראשון של חול המועד) את קרבן העומר. אלומת השׂעורים הראשונה שהיו קוצרים הייתה מובאת לבית המקדש ועולה לקרבן עם כמה קרבנות נלווים. פעולה זו הייתה מתירה באכילה את תבואת השנה החדשה, שאותה אסור לאכול קודם הקרבת ה'עומר'.

גם בימינו — כאשר אין הקרבה של קרבן העומר — חל איסור לאכול מתבואת השנה החדשה עד היום השני של חג הפסח (היום הראשון של חול המועד). איסור זה מכוּנה 'חדש' או 'איסור חדש'. למעשה, בימינו עקב התיעוש בתחום המזון, ובכלל זה גם בענף הדגן, התבואה החדשה בארץ ישראל מגיעה לשווקים לאחר המועד הנ"ל ואיסור 'חדש' כמעט שלא קיים בפועל. ואולם מוצרים המיובאים מחו"ל טעונים בדיקה בהקשר זה.