במהבדלהוצאי שמחת תורה עורכים הבדלה על כוס יין. נוסח ההבדלה זהה לנוסח ההבדלה של שבת, אלא שעכשיו אין מברכים על נר ועל בשמים, אלא אם כן זה מוצאי שבת. במוצאי החג אין אומרים את הפסוקים שלפני ה'הבדלה'. סדר הדברים הוא: ברכת 'בורא פרי הגפן' על היין ולאחר מכן ברכת 'המבדיל בין קודש לחול'.

'הקפות' שניות במקומות רבים נהוג לערוך במוצאי שמחת תורה 'הקפות' נוספות ('הקפות שניות'). מכיוון שה'הקפות' הללו נערכות לאחר צאת החג, מקובל לקיימן בליווי תזמורת. יש מקומות שבהם ה'הקפות' נערכות מחוץ לכותלי בית הכנסת — בכיכרות מרכזיות, ברחבות ציבוריות וכיוצא בזה — כדי לאפשר השתתפות קהל רב ומגוון. מקור המנהג לקיים 'הקפות' נוספות הוא האר"י (המקובל הנודע רבי יצחק לוריא) ז"ל. נימוק נוסף למנהג זה: הזדהות עם בני חו"ל החוגגים בלילה הזה את שמחת תורה.

'אסרו חג' היום שאחרי החג מכוּנה 'אִסרוּ חג', וזאת על־פי לשון הפסוק: "אִסרוּ חג בעבוֹתים עד קרנות המזבח" (תהילים קיח, כז), שכוונתו קשירת קרבן החג אל קרנות המזבח. בזמננו הפירוש הוא: קשירת ימי החג לימי החולין. ביום הזה נהוג להרבות קצת בשמחה ובסעודה.