בתחילת תפילת מנחה מוציאים מארון הקודש ספר תורה וקוראים לשלושה עולים בפרשה העוסקת באיסורי גילוי עריות (ויקרא פרק יח). הסיבה לקריאת פרשה זו בעיצומו של יום הכיפורים דווקא היא, שהעבֵרות בתחום זה מהוות אתגר משמעותי בעבורנו, ולכן גם מצריכות זהירות יתר מצדנו. הקריאה אף מהווה תזכורת למי שכבר נכשלו בעבֵרות אלה לנצל את השעה המיוחדת ולחזור בתשובה שלמה.

הפטרת יונה ו'וידוי' העולה השלישי לתורה הוא גם מי שיקרא את ה'הפטרה' בספר יוֹנָה, על ארבעת פרקיו, העוסק ב'בריחת' יונה הנביא מפני הקב"ה וציוויו, וסיפור חזרתם בתשובה של תושבי העיר נינווה.

גם בתפילת מנחה מוסיפים פיוטים ואומרים 'וידוי' בסוף תפילת 'עמידה', ולאחר מכן עוד פעם ב'חזרת הש"ץ'. יש נוהגים להוסיף פרקי 'סליחות' בסוף התפילה.