תפילת שחרית של יום הכיפורים דומה מאוד בנוסחהּ לתפילות שאר החגים, אלא שבחזרת שליח הציבור שלה נאמרים פיוטים רבים. כמו בלילה, גם בתפילה זו אומרים את המילים "ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד" שבקריאת שמע, בקול רם, ובסיום תפילת עמידה בלחש וכן בסיום חזרת הש"ץ אומרים 'וידוי'.

קריאת התורה בקריאת התורה מוציאים שני ספרי תורה. לספר הראשון מעלים שישה אנשים (ואם יום הכיפורים חל בשבת — שבעה). בספר זה קוראים את תחילת פרשת 'אחרי מות' (ויקרא פרק טז), שבה מופיע בפירוט הציווי על סדר יום הכיפורים במשכן ובבית המקדש. לספר התורה השני מעלים את ה'מפטיר', וקוראים בו את פסוקי הקרבנות שהוקרבו ביום זה בבית המקדש (במדבר כט, ז-יא). לאחר מכן קוראים (בספר ישעיהו פרק נז) 'הפטרה' העוסקת בצום ובחזרה בתשובה.

אמירת 'יזכור' בסיום קריאת התורה ואמירת ה'הפטרה' נוהגים בקהילות האשכנזים לומר 'יזכור' — קטע תפילה קצר שבו מי שאין לו אב או אֵם (או שניהם) מעלֶה את זכרם ומתחייב לתת צדקה לעילוי נשמתם. לאחר מכן מוסיפים ואומרים את נוסח 'א־ל מלא רחמים', כפי שמופיע בסידורים. בשורש מנהג זה עומדת הדעה שיום הכיפורים הוא זמן כפרה גם למתים; וכאשר צאצאיו של הנפטר מתפללים למענו ונותנים צדקה לעילוי נשמתו, הדבר מעורר עליו רחמים במרוֹמים. לפני תחילת המעמד גבאי בית הכנסת מכריז: "יזכור!". קריאה זו מהווה אות לכל מי שיש להם אב ואֵם חיים לצאת מבית הכנסת עד סיום אמירת ה'יזכור'.

גם הספרדים, שאינם נוהגים באמירת נוסח ה'יזכור', נוהגים לנדור כסף לצדקה לעילוי נשמת הוריהם המנוחים.

אמירת 'יזכור' נהוגה רק בחלוף שנה ממועד פטירת האב או האֵם.