בבוקר ראש השנה מתפללים תחילה תפילת שחרית. התפילה מתאפיינת במגוון פיוטים, הנאמרים במהלך חזרת הש"ץ (שליח הציבור, ה'חזן') על התפילה. שלא כבכל שאר החגים, בראש השנה — וגם ביום הכיפורים — אין אומרים 'הלל'. הסיבה לכך היא שתפילת 'הלל' מבטאת רגשות שמחה, ואילו בראש השנה — וביום הכיפורים — הרגש המודגש הוא יראה, אימת הדין. אחרי תפילת שחרית קוראים בתורה, ובסיומה נערכות התקיעות בשופר. אחריהן מתפללים תפילת מוסף.

קריאת התורה לקריאת התורה מוציאים מארון הקודש שני ספרי תורה (ליתר פירוט של סדר הקריאה בתורה ודיניה, ראו בעמ' 260 ו-341). הקריאה בספר הראשון נחלקת לחמישה מקטעים. אם ראש השנה חל בשבת, אותה קריאה עצמה נחלקת לשבעה מקטעים, כמו בכל שבת. בספר התורה השני קוראים 'מפטיר', פסוקים העוסקים בקרבנות ראש השנה.

ביום הראשון של ראש השנה קוראים בחומש בראשית (פרק כא) את סיפור הוּלדת יצחק אבינו, מכיוון שעל־פי המסורת הוא נולד בראש השנה. ביום השני של ראש השנה קוראים, גם כן בחומש בראשית (פרק כב), את סיפור עקדת יצחק. המטרה היא לעורר את רחמיו של הקב"ה עלינו, בזכות מעשי אבותינו.

ל'מפטיר' קוראים בספר התורה השני, בשני הימים כאחד, את סדר הקרבת קרבנות ראש השנה, בזמן שבית המקדש היה קיים (במדבר כט, א-ו).

העולה ל'מפטיר' קורא את ה'הפטרה'. ביום הראשון של ראש השנה קוראים את סיפור הוּלדת שמואל הנביא (שמואל א' א, א-ב, י) שעל־פי מסורת חז"ל התרחש אף הוא בראש השנה. הפטרת היום השני של ראש השנה היא בספר ירמיהו (לא, א-יט), בפרק העוסק בזכויותיהם של בני ישראל.