ברוב הקהילות מקובל שכל האבלים הנמצאים בבית הכנסת אומרים יחד את הקדיש. רצוי להקפיד על קצב אמירה אחיד, כדי שהציבור יוכל לענות "אמן" על כל הקדישים כאחד. לכן יש מקומות שבהם אומרי הקדיש מתקבצים למקום אחד. במקצת הקהילות האשכנזיות נהוג שרק אדם אחד אומר קדיש, וגבאי בית הכנסת קובעים מעין תורנות, המבוססת על סדרי עדיפויות הלכתיים לאמירת קדיש, מי יאמר איזה קדיש ומתי.

קדיש אומרים בעמידה. באשר לשאלה אם השומעים צריכים לעמוד — הספרדים שומעים ועונים בישיבה ואילו בקרב האשכנזים רבים נוהגים לעמוד.

סדר ה'קדישים' בשחרית רוב ה'קדישים' בתפילה נאמרים על־ידי שליח הציבור (החזן) ולא על־ידי האבל, אלא אם כן האבל הוא גם שליח הציבור. להלן נפרט את סדר אמירת הקדישים לאורך התפילות:

קדיש לאחר הברייתא 'רבי ישמעאל' ולפני תחילת 'פסוקי דזִמרה' הוא 'קדיש דרבנן', הנאמר על־ידי האבלים בבית הכנסת. אך כשאין אבלים ראוי שהחזן יאמר אותו.

לפי 'נוסח אשכנז' בלבד, לאחר הפרק הראשון של 'פסוקי דזִמרה' — 'מזמור שיר חנוכת הבית' ולפני 'ברוך שאמר', אומרים האבלים 'קדיש יתום'. אם אין אבלים — אין אומרים קדיש זה.

בסיום 'פסוקי דזִמרה' אומר שליח הציבור 'חצי קדיש'.

לאחר 'תחנון' אומר שליח הציבור 'חצי קדיש'.

לאחר קריאת התורה אומרים 'חצי קדיש'. לעתים אומר אותו אחד האבלים, ולעתים הקורא בתורה.

בסיום "ובא לציון" אומר שליח הציבור 'קדיש שלם'.

לאחר 'שיר של יום' אומרים האבלים 'קדיש יתום'. ואם אין אבלים, יאמר את הקדיש אחד המתפללים שאין לו הורים. ואם אין בקהל מי שיכול לומד קדיש — אין אומרים.

בסיום 'פיטום הקטורת' אומרים האבלים 'קדיש דרבנן'. אם אין אבלים, אומר זאת שליח הציבור. אחרי הקדיש מוסיפים ואומרים 'ברכו'.

אחרי תפילת 'עלינו לשבח' אומרים האבלים 'קדיש יתום'.

זה סדר ה'קדישים' הנאמרים בתפילת שחרית של ימי החול, לפי 'נוסח ספרד'. ב'נוסח אשכנז' הסדר מעט שונה, אך מניין ה'קדישים' זהה: אחרי 'עלינו לשבח' — אומרים האבלים 'קדיש יתום'; אחרי 'פיטום הקטורת' — 'קדיש דרבנן' על־ידי האבלים או על־ידי שליח הציבור; 'שיר של יום' ולאחריו 'קדיש יתום' על־ידי האבלים בלבד ואז 'ברכו'.

נוסח עדוֹת המזרח דומה לנוסח ספרד.

בבתי כנסת רבים נהוג ללמוד דבר תורה קצר (מִשנה או הלכה), או לומר פרקי תהלים לאחר התפילה ולזַכות את האבלים ב'קדיש דרבנן' נוסף.

ה'קדישים' במנחה וערבית בתפילת מנחה, האבלים אומרים 'קדיש יתום' לאחר תפילת 'עלינו לשבח'. לפי נוסח עדוֹת המזרח אומרים את הקדיש לפני 'עלינו לשבח' ולאחר 'למנצח בנגינות'. יש מבני העדה המרוקאית המוסיפים אמירת 'חצי קדיש' על־ידי האבלים לאחר 'עלינו לשבח'.

בתפילת ערבית אומרים האבלים 'קדיש יתום' לאחר 'שיר המעלות' שלפני 'עלינו לשבח' ובסוף הקדיש אומרים 'ברכו'. לפי 'נוסח אשכנז' האבלים אומרים 'קדיש יתום' אחרי 'עלינו לשבח' ואז מוסיפים ואומרים 'ברכו'.

זה המבנה הכללי של אמירות הקדיש בתפילות, אך בחגים ובמועדים יש אי אלו שינויים בסדר הרגיל.

אחרי לימוד בציבור כפי שכבר הוזכר בקצרה, בבתי כנסת רבים נהוג שכאשר מסתיים שיעור תורה ציבורי ובמקום נוכחים לפחות עשרה גברים, אחד הנוכחים קורא בקול את המִשנה: "רַבִּי חֲנַנְיָה בֶּן עֲקַשְׁיָה אוֹמֵר: רָצָה הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא לְזַכּוֹת אֶת יִשְׂרָאֵל לְפִיכָךְ הִרְבָּה לָהֶם תּוֹרָה וּמִצְוֹת שֶׁנֶּאֱמַר, אֲדֹנָי חָפֵץ לְמַעַן צִדְקוֹ יַגְדִּיל תּוֹרָה וְיַאְדִּיר" (מסכת מכות פרק ג, משנה טז), ולאחר מכן אומר 'קדיש דרבנן'.

הסיבה שאומרים את המשנה הזאת היא שדבריה הם דברי אגדה (מאמר חז"ל שאיננו הלכה), ו'קדיש דרבנן' אומרים רק אחרי דברי אגדה ולא אחרי דברי הלכה. סיבה נוספת היא, שבמהלך הלימוד עצמו אנשים עשויים לצאת ולהיכנס, ולא תמיד ברור שעשרה אנשים אכן הקשיבו לַלימוד והשתתפו בו. לכן אומרים את המשנה הזאת בקול רם, כדי לוודא שכל הנוכחים מקשיבים לה. ומבין כל דברי האגדה בחרו דווקא במשנה זו, שכן תוכנה מתאים לעניין: שִׁבחן של התורה ומצוותיה.

(איוב יא, ט)(דברים ה, א)